CV

Februar 2026

English summary

I am a (Teaching) Professor at the University of Oslo (UiO), and have taught at the Faculty of Mathematics and Natural Sciences for many years. I am an experienced educator whose main focus is students’ learning. I am interested in how we can increase educational competence with those involved in my own and others’ courses and teaching.

Reverse instructional design and constructive alignment are two educational principles that are central to my work. Student active learning is the starting point when I plan my teaching. Integrating digital tools in a pedagogical way to promote student learning is something that is central to everything I do.

I lead the implementation of “Computing in Science Education”, integration of computing and programming, in the Bioscience bachelor’s programme. As part of this, I have developed the first semester course “Introduction to computational models for Biosciences” (BIOS1100/BIOS1101), where I teach new bioscience students mathematical modelling of biological problems using programming in Python.

My work at UiO resulted in me being appointed as ‘Merittert Utdanner’ (‘distinguished educator’) at the university in 2023. In 2025 I was awarded the Olav Thon Foundation ‘National award for outstanding teaching in the mathematical/natural sciences and medical fields’.

Sammendrag

Jeg er dosent ved Universitetet i Oslo (UiO), og har undervist i realfag i mange år. Jeg er en erfaren utdanner som har studentenes læring som hovedfokus. Jeg er opptatt av hvordan vi kan øke den pedagogiske kompetansen hos de som er involvert i min egen og andres kurs.

Baklengsdesign og meningsfylt samsvar (også kalt samstemt undervisning) er to pedagogiske prinsipper som er sentrale i mitt arbeid. Studentaktiv læring er utgangspunktet når jeg planlegger undervisningen. Å integrere digitale verktøy, og spesielt kunstig intelligens, på en pedagogisk måte for å fremme studentenes læring er noe som står sentralt i alt jeg gjør.

Jeg leder implementeringen av “Computing in Science Education”, integrasjon av beregninger og programmering, i bachelorprogrammet Biovitenskap. Som en del av dette har jeg utviklet førstesemesterkurset “Innføring i beregningsmodeller for biovitenskap” (BIOS1100/BIOS1101), der jeg underviser nye biovitenskapsstudenter i analyse og modellering av biologiske problemer ved bruk av programmering i Python.

Mitt arbeid ved UiO resulterte i at jeg i 2023 ble utnevnt som Merittert Utdanner ved universitetet. In 2025 ble jeg tildelt Olav Thon Stiftelsens ‘Nasjonale pris for fremragende undervisning innen de matematiske/naturvitenskapelige og medisinske fagfelt’.

Arbeidserfaring

  • 2025- Dosent, Inst. for Biovitenskap, UiO
  • 2018- 2025 Førstelektor, Inst. for Biovitenskap og Inst. for Informatikk, UiO
  • 2018-2024 Nestleder med hovedansvar for koordinering av utdanningsaktiviteter, Senter for Bioinformatikk, Inst. for Informatikk, UiO
  • 2013-2018 Førsteamanuensis II (20%), Inst. for Informatikk, UiO
  • 2015-2018 Senior ingeniør (fast stilling), Inst. for Biovitenskap, UiO
  • 2005-2018 Postdoktor, forsker, Senior ingeniør, Inst. for Biovitenskap, UiO
  • 2003-2005 Senior Scientist, Lingvitae AS, Oslo
  • 2002-2003 Postdoktor, University of Hawaii, USA

Lederroler

Merittering og priser

  • Olav Thon Stiftelsens ‘Nasjonale pris for fremragende undervisning innen de matematiske/naturvitenskapelige og medisinske fagfelt’ - 2025
  • Merittert utdanner ved Universitetet i Oslo - 2023

Universitetspedagogisk kompetanse

  • Jeg tok Felles innføringsdel for Universitetspedagogisk Basiskompetanse i 2014 som 20% 1. amanuensis II
  • Jeg fullførte Felles innføringsdel for Universitetspedagogisk Basiskompetanse i 2019
  • Jeg fullførte følgende enkeltmoduler i tillegg til Fellesdelen:
    • Forskningsveiledning (2014)
    • Forelesning og undervisning - det dramaturgiske aspekt (2015)
    • Pedagogisk mappe (2020)
    • Læring og undervisning med universell utforming (2022)

Utdanning

  • PhD Biologi, Utrecht Graduate School of Developmental Biology, Universitetet i Utrecht, Nederland (1997-2001)
  • BSc & MSc Biologi, Universitetet i Utrecht, Nederland (1990-1996)

Lederutdanning

  • Ledelse av team og grupper, UiO, i regi av Moment Consulting (2023)
  • Forskerledelse for midlertidig vitenskapelige ansatte ved Biologisk institutt, UiO, i regi av Storyboard/Stride.no (2009)
  • Research management for Phd students, NIBI (Netherlands Institute for Biology) (2000)

Universitetsundervisning

  • BIOS1100/BIOS1101 Innføring i beregningsmodeller for biovitenskap (emneansvarlig) (2017-)
    • Innføring i å lage og eksperimentere med enkle modeller av biologiske systemer med hjelp av programmeringsspråket Python
  • MNPED9000 Teaching in STEM (2022-2023)
    • Tema: Formative assessment
    • Tema: Cognitive load and learning environment
  • BIOS-IN5410/9410 Bioinformatics for Molecular Biology (2021-)
    • Tema: Reproducible Bioinformatic Analyses
  • MBV3070/BIOS3010 Bioinformatikk (2019-2022)
    • Tema: Python programmering
    • Tema: Genome assembly and annotation
  • INF-BIO5121/9121 High Throughput Sequencing technologies and bioinformatics analysis (emneansvarlig) (2012-2016)
    • Bioinformatikk for master og PhD studenter i informatikk og bioinformatikk
  • MBV-INF4410/9410 Bioinformatics for Molecular Biology (2013-2016)
    • Forelesning “The bioinformatics of sequencing and assembling genomes”
    • Forelesning “What does it mean to do bioinformatics?”
  • BIO9905MERG1 - Bioinformatics for Metagenomic Analyses and Environmental Sequencing (2011)
    • Forelesning “Next Generation Sequencing techniques and data relevant for metagenomics analyses”
    • Forelesning “Assembly of metagenomes”
  • BIO2120 Evolusjonsbiologi (2006-2007)
    • Forelesning “Evolution and Development”
    • Forelesning “Evolution of Genes and Genomes”
    • Oppgaver for gruppearbeid
  • Erasmus ICP course Marine Cell Biology, Observatoire Oceanologique, Banyuls-sur-mer, Frankrike (2000)
    • Forelesning “Fundamental aspects of development”
    • Forelesning “Cell cycle changes during development”

Annen relevant erfaring

  • Fasilitator for programseminar for nye førsteårsstudenter ved MatNat fakultetet (2024-). Programmet på seminaret består av faglig og sosialt innhold hvor formålet er at alle skal bli bedre kjent med sine medstudenter og skape grunnlaget for et godt studiemiljø.
  • Bidragsyter til Læringsassistentprogrammet ved UiO (2021-2022)
  • Instruktør trener The Carpentries, undervisning i pedagogikk og undervisningmetodikk for nye Carpentries instruktørene (2012 - 2019). Undervisningsmaterialterialene: https://carpentries.github.io/instructor-training/

Workshops

  • LLM-powered Programming and Data Analysis (2025)
  • Brainstorming workshop: Practical use of GenAI at UiO (2025)
    • Organisert sammen med Matthew Good fra Digital Scholarship Centre
  • Praktisk begynnerkurs i bruk av KI - kom i gang med gpt.uio.no (2025)
  • Using Open Interpreter as a personal coding and data analysis assistant (2025)
    • Webside
    • Bidrag til Digital Scholarship Days 2025
  • Oslo Bioinformatics Workshop Week (2022-)
    • En uke med workshops samt et nettverksarrangement for forskere som driver med bioinformatikk i Oslo-regionen
    • Organisert av studentkommiteen av Senter for Bioinformatikk ved UiO (2022-2023), nå Trainee Committee for Bioinformatics in LifeScience (BiLS) initiativet (2024-) under min veiledning
    • Jeg tok initiativ til arrangementet i 2022
    • Websidene
  • An introduction to Snakemake and Snakemake workflows (2022-2023)
  • Forskerskole i Bioinformatikk NORBIS Summer School “Robust and reproducible practices in bioinformatics programming” (2018)
  • Next-Gen Sequence Analysis Workshop ‘week 3’ (intermediate and advanced skills) (invitert), Michigan State University (2015)
  • University of California Davis Assembly Masterclass (invitert) (2013)
  • Norwegian Sequencing Centre course: High Through-put Sequencing: technology basics, applications and bioinformatic analysis (2011)
  • De novo genome assembly (invitert), Univ. of Gothenburg, (2011)

Forskning på egen undervisning

Jeg var en av veiledere for fire lektorstudenter som tok en masteroppgaver der de studerte studenter som tok mitt kurs BIOS1100:

June Edvardsen skrev en artikkel basert på dette arbeidet, som ble publisert i Nordic Journal of STEM Education: https://doi.org/10.5324/njsteme.v5i1.3917.

Innvilgede utdanningsfaglige utviklingsprosjekter

  • Prosjekt “Skreddersydde chatboter i utdanningen” (2025-, 500 000 NOK)
    • Utlysing av midler til IT i utdanning 2025
    • Samarbeid med personer fra Institutt for lærerutdanning og skoleforskning (ILS, UV fakultetet), Kjemisk Institutt, Institutt for Informatikk og Institutt for Biovitenskap (MN fakultetet) og IT-avdelingen
  • Prosjekt “Integrasjon av Jupyter og Canvas for digital vurdering” (2020-2022, 800 000 NOK)

The Carpentries

The Carpentries er en global organisasjon som utdanner forskere i dataanalyse og programmering ved hjelp av frivillige instruktører. Jeg er en sertifisert instruktør for organisasjonen og organiserer og leder slike workshops i Norge og Sverige.

Jeg tok initiativ i 2013, med støtte fra Realfagsbiblioteket (UiO), å etablere Carpentry@UiO, uio.no/carpentry som jevnlig arrangerer workshops og kurs for forskere ved UiO.

Jeg har tidligere også vært en sertifisert Carpentries instruktørtrener, der jeg organiserte workshops for forskere som ønsker å bli instruktør for The Carpentries.

The Carpentries workshops

  • Universitetet i Oslo (2012-2025)
  • Netherlands eScience Centre (2017)
  • Universitetet i Bergen (2014)
  • Science for Life Laboratory, Stockholm, Sverige (2014)

Carpentries Instructor Training workshops

  • Universitetet i Oslo (2016-2018)
  • The Carpentries - online (2016-2019)

Andre verv

  • Medlem Fagråd for IT i Utdanning, UiO (2022-)
  • Medlem Arbeidsgruppen Bachelorprogrammet Biovitenskap (2022-2023)
  • Medlem Arbeidsgruppen Masterplan for IT ved Universitetet i Oslo (2018-2019)
  • Medlem styringsgruppe Digital Scholarship Center, UiO (2020-2023)

Sensorerfaring

  • Internsensor for masteroppgaver ved Institutt for Informatikk og Institutt for Biovitenskap, UiO (2017-)
  • Eksternsensor for masteroppgave ved NMBU (Norges miljø- og biovitenskapelige universitet) (2023)

Programmeringsspråk og verktøy

  • Python: kompetent utøver
  • R: begynner
  • Bash (unix shell): kompetent utøver
  • Versjonskontroll (git): kompetent utøver

Programvare

Github: https://github.com/lexnederbragt

  • canvasCourseCli: Kommandolinjeverktøy for å laste ned, legge til og oppdatere innhold, sider og filer for kursrom i læringsplattformen Canvas
  • SequenceTools: skripter for å jobbe med DNA-sekvenser og relaterte filer
  • RepSeq: estimering av kopienummer av DNA sekvenser sammensatt med assembly verktøy

Inviterte foredrag

  • Keynote lecture “Digitalt læringsmiljø 2030: en oppdatering”, IT konferansen UiO, Kragerø, 2025

  • “Cognitive Load: what is it and how can we take it in consideration when teaching?” iEarth Digital Learning Forum (online), Norge 2023

  • Keynote lecture “Learning from the Carpentries”, CarpentryConnect, Manchester 2019

  • “How I got infected by fish genomics - and how you can too” - Eijkman lecture Utrecht University, Nederland 2017

  • “Software Carpentry og Data Carpentry: opplæring i bruk og deling av forskningsdata – for forskere, av forskere, ved UiO” Norsk nettverk for Forskningsadministrasjon (NARMA), Vårkonferanse, Lillestrøm 2017

  • “Local, central or cloud: why we chose to build our e-infrastructure for sequence analysis embedded in the university of Oslo HPC cluster” workshop “e-infrastructures for Massively Parallel Sequencing”, Uppsala, 2015 https://www.youtube.com/watch?v=g5JtEQPEQiI

  • Keynote lecture “Software Carpentry: Trening i ‘best practices’ for beregningsbasert forskning”, IT-konferansen UiO, Strømstad, 2015

  • “Coding & Best Practice in Programming: Why it matters so much in the NGS era”, SeqAhead Scientific Meeting 2014 “NGS Data after the Gold Rush”, Norwich, 2014 http://www.slideshare.net/flxlex/140507-seq-aheadngscodingbestpractices

  • “Experiences with Combining PacBio with Short Read Technology for Improved de novo Assembly of Complex Genomes”, 4th Next Generation Sequencing Congress, London 2012 http://www.slideshare.net/flxlex/131014-cees-holmenreproducibility

Innlegg i media

Språk

  • Nederlandsk: morsmål, utmerket muntlig/skriftlig
  • Engelsk: utmerket muntlig/skriftlig
  • Norsk: utmerket muntlig/skriftlig
    • ‘Bergens test’ (Test i Norsk - Høyere nivå), 2005; resultat: 600 poeng (av 700)
  • Tysk: muntlig

Frivillighetsarbeid

  • Leder, ‘kodeklubben Bærum’ (del av Lær Kidsa Koding), tilbyr kodingskurs til barn fra 8 til 14 (2016-2018)
  • Styremedlem Hiltonåsen boligsameiet, Slependen (2009-2015, varamedlem f.o.m. 2021)

Søknader om forskningsmidler der jeg er oppført som samarbeidspartner

European Research council

  • ERC Consolidator Grant: CICHLIDX, an integrative approach towards the understanding of an adaptive radiation of East African cichlid fishes (PI: Walter Salzburger, Univ. of Basel)

Norges Forskningsråd

  • REPEAT: Evolutionary and functional importance of simple repeats in the genome ‘Toppforsk’ project (PI: Kjetill Jakobsen)
  • Aqua Genome Project (PI: Kjetill Jakobsen)
  • Norwegian Sequencing Centre Research Infrastructure, phase II (PI: Kjetill Jakobsen, Univ. of Oslo)
  • CodReseq: Translating the cod genome for aquaculture (PI: Kjetill Jakobsen)
  • Haddoc, assessment of long-term effects of oil exposure on early life stages of Atlantic haddock (PI: Sonic Meier, Inst. of Marine Research)
  • Genome dynamics in early eukaryotic evolution: importance of enigmatic lineages (PI: Russel Orr, Univ. of Oslo)
  • The genomic and physiological basis of invasiveness in a harmful house-invader (InHouse) (PI: Inger Skrede, Univ. of Oslo)

Andre søknader

  • Ratatosk Course Mobility Grant “Bringing Software Carpentry basic computing skills training to more Nordic countries” Nordic eInfrastructure Collaboration (NeIC), 2018

Utvalgte blogginnlegg

Min blogg: https://lexnederbragt.com/blog.

Fagfellevurdering

Noen av mine fagfellevurdering har jeg gjort tilgjenglig via Publons https://publons.com/author/18712/alexander-j-nederbragt

Jeg har gjort fagfellevurdering for Nature Methods, Nature Scientific Data, Bioinformatics, BMC Bioinformatics, BMC Genomics, Animal Genetics, Gigascience, The Journal of Open Source Education, F1000 Research, PLOS Computational Biology, Nordic Journal of STEM Education

Veiledning

PhD studenter
Medveileder for 7 PhD studenter, Univ. i Oslo (2008-)

Masterstudenter
Hovedveileder for 5 MSc studenter, Univ. i Oslo (2014-)
Medveileder for 7 MSc studenter, Univ. i Oslo (2013-)

Forskning

Som PhD student i Nederland og postdoktor i USA studerte jeg tidlig utvikling av marine virvelløse arter. Fokus var å undersøke gener kjent fra tidlig utvikling i modellorganismer som mus, bananfluer mm, og se hvilken rolle disse hadde i, for eksempel mollusker. Forskningsfeltet het ‘Evolutionary Developmental Biology’ (‘evo-devo)’. Mitt bidrag var å vise at noen av genene vi studerte ble kooptert til nye funksjoner gjennom evolusjon.

Som postdoktor, senere forsker, ved Universitetet i Oslo var hovedfokuset på sekvensiering av ukjente genomer, og sammensetning (‘assembly’) av disse til referansegenomer. Mitt bidrag var fokusert på bioinformatikken av det å sette sammen genomer basert på korte DNA sekvenser. Det største prosjektet jeg var med på var sekvensiering og sammensetning av genomet til atlantisk torsk i 2011. Jeg ledet prosjektet med å lage en forbedret versjon av genomet, dette kom ut i 2017. Av spesiell interesse var de store menger repeterende sekvenser (‘Tandem Repeats’) i genomer til torskefisker, noe som vi undersøkte i flere fiskearter. Min bioinformatikk kompetanse førte til at jeg videre ble med på flere prosjekter der genomsammensetning var et viktig fokus.

Publikasjonsliste

See også min Google Scholar profil eller ORCID side.

Peer-reviewed publications

Reinar, W. B., Tørresen, O. K., Nederbragt, A. J., Matschiner, M., Jentoft, S., & Jakobsen, K. S. (2023). Teleost genomic repeat landscapes in light of diversification rates and ecology. Mobile DNA, 14(1), 14. https://doi.org/10.1186/s13100-023-00302-9

Eliassen, J. E., Bøe, M. V., Nederbragt, L., & Gregers, T. F. (2021). Motivasjon for beregningsorientert biologi og sammenhengen med matematikk R2 fra videregående opplæring. Nordic Journal of STEM Education, 5(1). https://doi.org/10.5324/njsteme.v5i1.3917

Grytten, I., Rand, K. D., Nederbragt, A. J., & Sandve, G. K. (2020). Assessing graph-based read mappers against a baseline approach highlights strengths and weaknesses of current methods. BMC Genomics, 21(1), 282. https://doi.org/10.1186/s12864-020-6685-y

Khelik, K., Sandve, G. K., Nederbragt, A. J., & Rognes, T. (2020). NucBreak: Location of structural errors in a genome assembly by using paired-end Illumina reads. BMC Bioinformatics, 21(1), 66. https://doi.org/10.1186/s12859-020-3414-0

Nederbragt, A., Harris, R. M., Hill, A. P., & Wilson, G. (2020). Ten quick tips for teaching with participatory live coding. PLOS Computational Biology, 16(9), e1008090. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008090

Grytten, I., Rand, K. D., Nederbragt, A. J., Storvik, G. O., Glad, I. K., & Sandve, G. K. (2019). Graph Peak Caller: Calling ChIP-seq peaks on graph-based reference genomes. PLOS Computational Biology, 15(2), e1006731. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006731

Jørgensen, T. E., Karlsen, B. O., Emblem, Å., Breines, R., Andreassen, M., Rounge, T. B., Nederbragt, A. J., Jakobsen, K. S., Nymark, M., Ursvik, A., Coucheron, D. H., Jakt, L. M., Nordeide, J. T., Moum, T., & Johansen, S. D. (2018). Mitochondrial genome variation of Atlantic cod. BMC Research Notes, 11, 397. https://doi.org/10.1186/s13104-018-3506-3

Lie, K. K., Tørresen, O. K., Solbakken, M. H., Rønnestad, I., Tooming-Klunderud, A., Nederbragt, A. J., Jentoft, S., & Sæle, Ø. (2018). Loss of stomach, loss of appetite? Sequencing of the ballan wrasse (Labrus bergylta) genome and intestinal transcriptomic profiling illuminate the evolution of loss of stomach function in fish. BMC Genomics, 19, 186. https://doi.org/10.1186/s12864-018-4570-8

Tørresen, O. K., Brieuc, M. S. O., Solbakken, M. H., Sørhus, E., Nederbragt, A. J., Jakobsen, K. S., Meier, S., Edvardsen, R. B., & Jentoft, S. (2018). Genomic architecture of haddock (Melanogrammus aeglefinus) shows expansions of innate immune genes and short tandem repeats. BMC Genomics, 19. https://doi.org/10.1186/s12864-018-4616-y

Varadharajan, S., Sandve, S. R., Gillard, G. B., Tørresen, O. K., Mulugeta, T. D., Hvidsten, T. R., Lien, S., Asbjørn Vøllestad, L., Jentoft, S., Nederbragt, A. J., & Jakobsen, K. S. (2018). The Grayling Genome Reveals Selection on Gene Expression Regulation after Whole-Genome Duplication. Genome Biology and Evolution, 10(10), 2785–2800. https://doi.org/10.1093/gbe/evy201

Elgvin, T. O., Trier, C. N., Tørresen, O. K., Hagen, I. J., Lien, S., Nederbragt, A. J., Ravinet, M., Jensen, H., & Sætre, G.-P. (2017). The genomic mosaicism of hybrid speciation. Science Advances, 3(6), e1602996. https://doi.org/10.1126/sciadv.1602996

Khelik, K., Lagesen, K., Sandve, G. K., Rognes, T., & Nederbragt, A. J. (2017). NucDiff: In-depth characterization and annotation of differences between two sets of DNA sequences. BMC Bioinformatics, 18, 338. https://doi.org/10.1186/s12859-017-1748-z

Rand, K. D., Grytten, I., Nederbragt, A. J., Storvik, G. O., Glad, I. K., & Sandve, G. K. (2017). Coordinates and intervals in graph-based reference genomes. BMC Bioinformatics, 18, 263. https://doi.org/10.1186/s12859-017-1678-9

Simovski, B., Vodak, D., Gundersen, S., Domanska, D., Abdulrahman Azab, Holden, L., Holden, M., Grytten, I., Rand, K., Drablos, F., Johansen, M., Mora, A., Lund-Andersen, C., Fromm, B., Eskeland, R., Gabrielsen, O. S., Ferkingstad, E., Sigve Nakken, Bengtsen, M., Nederbragt, A. J., Thorarensen, H. S., Akse, J. A., Glad, I., Hovig, E., & Sandve, G. K. (2017). Gsuite HyperBrowser Version2.0b. GigaScience Database. https://doi.org/10.5524/100292

Simovski, B., Vodák, D., Gundersen, S., Domanska, D., Azab, A., Holden, L., Holden, M., Grytten, I., Rand, K., Drabløs, F., Johansen, M., Mora, A., Lund-Andersen, C., Fromm, B., Eskeland, R., Gabrielsen, O. S., Ferkingstad, E., Nakken, S., Bengtsen, M., Nederbragt, A. J., Sif Thorarensen, H., Andreas Akse, J., Glad, I., Hovig, E., & Sandve, G. K. (2017). GSuite HyperBrowser: Integrative analysis of dataset collections across the genome and epigenome. GigaScience. https://doi.org/10.1093/gigascience/gix032

Tørresen, O. K., Star, B., Jentoft, S., Reinar, W. B., Grove, H., Miller, J. R., Walenz, B. P., Knight, J., Ekholm, J. M., Peluso, P., Edvardsen, R. B., Tooming-Klunderud, A., Skage, M., Lien, S., Jakobsen, K. S., & Nederbragt, A. J. (2017). An improved genome assembly uncovers prolific tandem repeats in Atlantic cod. BMC Genomics, 18(1), 95. https://doi.org/10.1186/s12864-016-3448-x

Wilson, G., Bryan, J., Cranston, K., Kitzes, J., Nederbragt, L., & Teal, T. K. (2017). Good enough practices in scientific computing. PLOS Computational Biology, 13(6), e1005510. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005510

Frank, J. A., Pan, Y., Tooming-Klunderud, A., Eijsink, V. G. H., McHardy, A. C., Nederbragt, A. J., & Pope, P. B. (2016). Improved metagenome assemblies and taxonomic binning using long-read circular consensus sequence data. Scientific Reports, 6, 25373. https://doi.org/10.1038/srep25373

Lien, S., Koop, B. F., Sandve, S. R., Miller, J. R., Kent, M. P., Nome, T., Hvidsten, T. R., Leong, J. S., Minkley, D. R., Zimin, A., Grammes, F., Grove, H., Gjuvsland, A., Walenz, B., Hermansen, R. A., von Schalburg, K., Rondeau, E. B., Di Genova, A., Samy, J. K. A., Olav Vik, J., Vigeland, M. D., Caler, L., Grimholt, U., Jentoft, S., Inge Våge, D., de Jong, P., Moen, T., Baranski, M., Palti, Y., Smith, D. R., Yorke, J. A., Nederbragt, A. J., Tooming-Klunderud, A., Jakobsen, K. S., Jiang, X., Fan, D., Hu, Y., Liberles, D. A., Vidal, R., Iturra, P., Jones, S. J. M., Jonassen, I., Maass, A., Omholt, S. W., & Davidson, W. S. (2016). The Atlantic salmon genome provides insights into rediploidization. Nature, 533(7602), 200–205. https://doi.org/10.1038/nature17164

Malmstrøm, M., Matschiner, M., Tørresen, O. K., Star, B., Snipen, L. G., Hansen, T. F., Baalsrud, H. T., Nederbragt, A. J., Hanel, R., Salzburger, W., Stenseth, N. C., Jakobsen, K. S., & Jentoft, S. (2016). Evolution of the immune system influences speciation rates in teleost fishes. Nature Genetics, 48(10), 1204–1210. https://doi.org/10.1038/ng.3645

Solbakken, M. H., Tørresen, O. K., Nederbragt, A. J., Seppola, M., Gregers, T. F., Jakobsen, K. S., & Jentoft, S. (2016). Evolutionary redesign of the Atlantic cod (Gadus Morhua L.) Toll-like receptor repertoire by gene losses and expansions. Scientific Reports, 6, 25211. https://doi.org/10.1038/srep25211

Star, B., Tørresen, O. K., Nederbragt, A. J., Jakobsen, K. S., Pampoulie, C., & Jentoft, S. (2016). Genomic characterization of the Atlantic cod sex-locus. Scientific Reports, 6, 31235. https://doi.org/10.1038/srep31235

Brembu, T., Winge, P., Tooming-Klunderud, A., Nederbragt, A. J., Jakobsen, K. S., & Bones, A. M. (2014). The chloroplast genome of the diatom Seminavis robusta: New features introduced through multiple mechanisms of horizontal gene transfer. Marine Genomics, 16, 17–27. https://doi.org/10.1016/j.margen.2013.12.002

Hermansen, J. S., Haas, F., Trier, C. N., Bailey, R. I., Nederbragt, A. J., Marzal, A., & Sætre, G.-P. (2014). Hybrid speciation through sorting of parental incompatibilities in Italian sparrows. Molecular Ecology, 23(23), 5831–5842. https://doi.org/10.1111/mec.12910

Nederbragt, A. J. (2014). On the middle ground between open source and commercial software - the case of the Newbler program. Genome Biology, 15(4), 113. https://doi.org/10.1186/gb4173

Röblitz, T., Saastad, O. W., Eide, H. A., Michalickova, K., Nederbragt, A. J., & Star, B. (2014). Scaling of Biological Data Work ows to Large HPC Systems - A Case Study in Marine Genomics -. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.823031

Siddiqui, H., Lagesen, K., Nederbragt, A. J., Eri, L. M., Jeansson, S. L., & Jakobsen, K. S. (2014). Pathogens in Urine from a Female Patient with Overactive Bladder Syndrome Detected by Culture-independent High Throughput Sequencing: A Case Report. The Open Microbiology Journal, 8(1). https://doi.org/10.2174/1874285801408010148

Star, B., Nederbragt, A. J., Hansen, M. H. S., Skage, M., Gilfillan, G. D., Bradbury, I. R., Pampoulie, C., Stenseth, N. C., Jakobsen, K. S., & Jentoft, S. (2014). Palindromic Sequence Artifacts Generated during Next Generation Sequencing Library Preparation from Historic and Ancient DNA. PLOS ONE, 9(3), e89676. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089676

Tooming-Klunderud, A., Sogge, H., Rounge, T. B., Nederbragt, A. J., Lagesen, K., Glöckner, G., Hayes, P. K., Rohrlack, T., & Jakobsen, K. S. (2013). From Green to Red: Horizontal Gene Transfer of the Phycoerythrin Gene Cluster between Planktothrix Strains. Appl. Environ. Microbiol., 79(21), 6803–6812. https://doi.org/10.1128/AEM.01455-13

Espelund, M., Minge, M. A., Gabrielsen, T. M., Nederbragt, A. J., Shalchian-Tabrizi, K., Otis, C., Turmel, M., Lemieux, C., & Jakobsen, K. S. (2012). Genome Fragmentation Is Not Confined to the Peridinin Plastid in Dinoflagellates. PLOS ONE, 7(6), e38809. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0038809

Logares, R., Haverkamp, T. H. A., Kumar, S., Lanzén, A., Nederbragt, A. J., Quince, C., & Kauserud, H. (2012). Environmental microbiology through the lens of high-throughput DNA sequencing: Synopsis of current platforms and bioinformatics approaches. Journal of Microbiological Methods, 91(1), 106–113. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2012.07.017

Siddiqui, H., Lagesen, K., Nederbragt, A. J., Jeansson, S. L., & Jakobsen, K. S. (2012). Alterations of microbiota in urine from women with interstitial cystitis. BMC Microbiology, 12(1), 205. https://doi.org/10.1186/1471-2180-12-205

Brede, D. A., Snipen, L. G., Ussery, D. W., Nederbragt, A. J., & Nes, I. F. (2011). Complete Genome Sequence of the Commensal Enterococcus faecalis 62, Isolated from a Healthy Norwegian Infant. Journal of Bacteriology, 193(9), 2377–2378. https://doi.org/10.1128/JB.00183-11

Gabrielsen, T. M., Minge, M. A., Espelund, M., Tooming-Klunderud, A., Patil, V., Nederbragt, A. J., Otis, C., Turmel, M., Shalchian-Tabrizi, K., Lemieux, C., & Jakobsen, K. S. (2011). Genome Evolution of a Tertiary Dinoflagellate Plastid. PLOS ONE, 6(4), e19132. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0019132

Siddiqui, H., Nederbragt, A. J., Lagesen, K., Jeansson, S. L., & Jakobsen, K. S. (2011). Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiology, 11(1), 244. https://doi.org/10.1186/1471-2180-11-244

Star, B., Nederbragt, A. J., Jentoft, S., Grimholt, U., Malmstrøm, M., Gregers, T. F., Rounge, T. B., Paulsen, J., Solbakken, M. H., Sharma, A., Wetten, O. F., Lanzén, A., Winer, R., Knight, J., Vogel, J.-H., Aken, B., Andersen, Ø., Lagesen, K., Tooming-Klunderud, A., Edvardsen, R. B., Tina, K. G., Espelund, M., Nepal, C., Previti, C., Karlsen, B. O., Moum, T., Skage, M., Berg, P. R., Gjøen, T., Kuhl, H., Thorsen, J., Malde, K., Reinhardt, R., Du, L., Johansen, S. D., Searle, S., Lien, S., Nilsen, F., Jonassen, I., Omholt, S. W., Stenseth, N. C., & Jakobsen, K. S. (2011). The genome sequence of Atlantic cod reveals a unique immune system. Nature, 477(7363), 207–210. https://doi.org/10.1038/nature10342

Løvoll, M., Wiik-Nielsen, J., Grove, S., Wiik-Nielsen, C. R., Kristoffersen, A. B., Faller, R., Poppe, T., Jung, J., Pedamallu, C. S., Nederbragt, A. J., Meyerson, M., Rimstad, E., & Tengs, T. (2010). A novel totivirus and piscine reovirus (PRV) in Atlantic salmon (Salmo salar) with cardiomyopathy syndrome (CMS). Virology Journal, 7(1), 309. https://doi.org/10.1186/1743-422X-7-309

Nederbragt, A. J., Rounge, T. B., Kausrud, K. L., & Jakobsen, K. S. (2010). Identification and Quantification of Genomic Repeats and Sample Contamination in Assemblies of 454 Pyrosequencing Reads. Sequencing. Research Article, https://www.hindawi.com/journals/sequencing/2010/782465/. https://doi.org/10.1155/2010/782465

Wetten, O. F., Nederbragt, A. J., Wilson, R. C., Jakobsen, K. S., Edvardsen, R. B., & Andersen, Ø. (2010). Genomic organization and gene expression of the multiple globins in Atlantic cod: Conservation of globin-flanking genes in chordates infers the origin of the vertebrate globin clusters. BMC Evolutionary Biology, 10(1), 315. https://doi.org/10.1186/1471-2148-10-315

Johansen, S. D., Coucheron, D. H., Andreassen, M., Karlsen, B. O., Furmanek, T., Jørgensen, T. E., Emblem, Å., Breines, R., Nordeide, J. T., Moum, T., Nederbragt, A. J., Stenseth, N. C., & Jakobsen, K. S. (2009). Large-scale sequence analyses of Atlantic cod. New Biotechnology, 25(5), 263–271. https://doi.org/10.1016/j.nbt.2009.03.014

Rounge, T. B., Rohrlack, T., Nederbragt, A. J., Kristensen, T., & Jakobsen, K. S. (2009). A genome-wide analysis of nonribosomal peptide synthetase gene clusters and their peptides in a Planktothrix rubescens strain. BMC Genomics, 10(1), 396. https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-396

Siddiqui, H., Nederbragt, A. J., & Jakobsen, K. S. (2009). A solid-phase method for preparing human DNA from urine for diagnostic purposes. Clinical Biochemistry, 42(10), 1128–1135. https://doi.org/10.1016/j.clinbiochem.2009.03.010

Nederbragt, A. J., Balasingham, A., Sirevåg, R., Utkilen, H., Jakobsen, K. S., & Anderson-Glenna, M. J. (2008). Multiple-locus variable-number tandem repeat analysis of Legionella pneumophila using multi-colored capillary electrophoresis. Journal of Microbiological Methods, 73(2), 111–117. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2008.02.007

Lespinet, O., Nederbragt, A. J., Cassan, M., Dictus, W. J., van Loon, A. E., & Adoutte, A. (2002). Characterisation of two snail genes in the gastropod mollusc Patella vulgata. Implications for understanding the ancestral function of the snail-related genes in Bilateria. Development Genes and Evolution, 212(4), 186–195. https://doi.org/10.1007/s00427-002-0228-1

Nederbragt, A. J., Lespinet, O., Wageningen, S. V., Loon, A. E. V., Adoutte, A., & Dictus, W. J. A. G. (2002). A lophotrochozoan twist gene is expressed in the ectomesoderm of the gastropod mollusk Patella vulgata. Evolution & Development, 4(5), 334–343. https://doi.org/10.1046/j.1525-142X.2002.02020.x

Nederbragt, A. J., te Welscher, P., van den Driesche, S., van Loon, A. E., & Dictus, W. J. (2002). Novel and conserved roles for orthodenticle/otx and orthopedia/otp orthologs in the gastropod mollusc Patella vulgata. Development Genes and Evolution, 212(7), 330–337. https://doi.org/10.1007/s00427-002-0246-z

Nederbragt, A. J., van Loon, A. E., & Dictus, W. J. A. G. (2002a). Evolutionary biology: Hedgehog crosses the snail’s midline. Nature, 417(6891), 811–812. https://doi.org/10.1038/417811b

Nederbragt, A. J., van Loon, A. E., & Dictus, W. J. A. G. (2002b). Expression of Patella vulgata Orthologs of engrailed and dpp-BMP2/4 in Adjacent Domains during Molluscan Shell Development Suggests a Conserved Compartment Boundary Mechanism. Developmental Biology, 246(2), 341–355. https://doi.org/10.1006/dbio.2002.0653

van der Kooij, A., Nederbragt, A. J., Goedemans, H. J., & van Loon, AndréE. (1996). The stringlike genes of the limpet Patella vulgata. Gene, 172(2), 261–265. https://doi.org/10.1016/0378-1119(96)00164-3

Conference Contributions

Eliassen, J. E., Bøe, M. V., Nederbragt, L., & Gregers, T. F. (2021). Motivasjon for beregningsorientert biologi og sammenhengen med matematikk R2 fra videregående opplæring. Nordic Journal of STEM Education, 5(1). https://doi.org/10.5324/njsteme.v5i1.3917

Gregers, T. F., & Nederbragt, L. (2019). Lektorstudenter utvikler unik kompetanse og bidrar til økt kvalitet på begynneremner gjennom en undervisningsrettet master. Nordic Journal of STEM Education, 3(1), 23–27. https://doi.org/10.5324/njsteme.v3i1.2992

Book chapters

Tørresen, O. K., Rise, M. L., Jin, X., Star, B., MacKenzie, S., Jakobsen, K. S., Nederbragt, A. J., & Jentoft, S. (2016). 3 - An improved version of the Atlantic cod genome and advancements in functional genomics: Implications for the future of cod farming. In Genomics in Aquaculture (pp. 45–72). San Diego: Academic Press. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-801418-9.00003-2

Tørresen, O. K., Star, B., Jentoft, S., Jakobsen, K. S., & Nederbragt, A. J. (2016). 1 - The new era of genome sequencing using high-throughput sequencing technology: Generation of the first version of the Atlantic cod genome. In Genomics in Aquaculture (pp. 1–20). San Diego: Academic Press. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-801418-9.00001-9

Thesis

Nederbragt, A. J. (2002). The evolution of developmental programs : a case study in the gastropod mollusc Patella vulgata (Dissertation). Retrieved from http://dspace.library.uu.nl/handle/1874/213

Software publications

Crusoe, M. R., Alameldin, H. F., Awad, S., Boucher, E., Caldwell, A., Cartwright, R., Charbonneau, A., Constantinides, B., Edvenson, G., Fay, S., Fenton, J., Fenzl, T., Fish, J., Garcia-Gutierrez, L., Garland, P., Gluck, J., González, I., Guermond, S., Guo, J., Gupta, A., Herr, J. R., Howe, A., Hyer, A., Härpfer, A., Irber, L., Kidd, R., Lin, D., Lippi, J., Mansour, T., McA’Nulty, P., McDonald, E., Mizzi, J., Murray, K. D., Nahum, J. R., Nanlohy, K., Nederbragt, A. J., Ortiz-Zuazaga, H., Ory, J., Pell, J., Pepe-Ranney, C., Russ, Z. N., Schwarz, E., Scott, C., Seaman, J., Sievert, S., Simpson, J., Skennerton, C. T., Spencer, J., Srinivasan, R., Standage, D., Stapleton, J. A., Steinman, S. R., Stein, J., Taylor, B., Trimble, W., Wiencko, H. L., Wright, M., Wyss, B., Zhang, Q., zyme, en, & Brown, C. T. (2015). The khmer software package: Enabling efficient nucleotide sequence analysis. F1000Research. https://doi.org/10.12688/f1000research.6924.1

Published lesson materials

Word, K., Sane, M., Barnes, K., Brown, S. M., Michonneau, F., Koch, C., Harris, R. M., Becker, E., Ballsun-Stanton, B., Capes, G., Hodges, T., Njambi, S., Stevens, S., Kamvar, Z. N., Li, A., Deardorff, A., Eranti, P., Hurt, S., Nenadic, A., Jankowski, E., Jordan, Dr. K. L., Heirendt, L., Cadzow, M., Tran, A., Robitaille, A. L., Ball, A. J., Peterson, B., de Kock, C., Chen, D., Vanichkina, D. P., Pérez-Suárez, McAulay, E., Milunovich, G., PROFITI, G., Gruson, H., Oliver, J., Duckles, J., Juvonen, M., Förstner, K. U., Nederbragt, L., Stokes, L., Stoffers, M., Black, M., Henry, M., Davis, N., Peter, S., Sichong, Liang, T., & Mohanan, A. V. (2021, November). Carpentries/instructor-training: The carpentries instructor training november 2021. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.5709383

Becker, E. A., Koch, C., Word, K., Harris, R. M., Sane, M., Nederbragt, L., Michonneau, F., Jordan, K. L., Hodge, A. E., Erdmann, C., Rokem, A., Laderas, T., Wilson, G., Lee, I., Cadzow, M., Brown, S., Hodges, T., Nenadic, A., Duckles, J., Rampin, R., Teal, T., Leinweber, K., Martinez, P. A., Emonet, R., Konovalov, A., Jankowski, E., Capes, G., Williams, J., Koziar, K., Palopoli, N., Spies, N., Weber, A., amoskane, Schürch, A., AnnaWilliford, Brian Ballsun-Stanton, Oliver, J., Black, M., Kindlon, N., Guillou, S., Yehudi, Y., Walsh, A. J., Collier, A. B., Switzer, C., Brueffer, C., Morris, C., Allan, D., DanielBrett, Quinn, D., Vanichkina, D., Jennings, D., davidbenncsiro, Williamson, E. P., Gates, J. M., Atzberger, J., Bradley, J., Pellman, J., Bradley, J., Cranston, K., Kees den Heijer, Laurence, Marie-Helene Burle, Henry, M., naught101, Davis, N., Tierney, N., Petraea, Brown, S. M., Stevens, S., satya-vinay, Sean, Kiburu, S. A. N., Helfrich, S., Moss, S., & Pereira, T. M. D. (2019). The Carpentries Instructor Training June 2019. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.3258398

Ahmadia, A., Allen, J., Banaszkiewicz, P., Becker, E., Bekolay, T., Belkin, M., Blischak, J., Boughton, A., Bray, E., Cabunoc Mayes, A., Carroll, I., Crouch, S., Davis, M., Davis, N., Devenyi, G. A., Duckles, J., Emonet, R., Fortin, F.-A., Gonzalez, I., Hamm, C., Hansen, M., Harris, R. M., Henninger, F., Hertweck, K., Hinsen, K., Hodge, A., Jackson, M., King, W. T., Kitzes, J., Koch, C., Lang, D., Liversidge, T., Michonneau, F., Mills, B., Nederbragt, L., Nelson, E., O’Leary, A., Ortiz-Zuazaga, H., Patitsas, E., Pawlik, A., Perez, F., Pipitone, J., Poisot, T., Rokem, A., Silva, R., Steyn, J., Teal, T., Tröndle, T., Tweedie, F., van der Walt, A., Vie, J.-J., Walker, J., Walsh, A., Weaver, B., White, E., Wilkerson, C., Williams, J., Williamson, E. P., Wilson, G., & Woo, K. (2017, February). Software Carpentry: Instructor Training. https://doi.org/10.5281/zenodo.278229

Achterberg, H., Adams, J., Adelman, J., Allen, J., Aranda, J., Bae, S., Banaszkiewicz, P., Barmby, P., Barr, E., Beitey, D., Bekolay, T., Berghold, J., Bjørnstad, M., Blischak, J., Boissonneault, M., Bosley, C., Bostroem, A., Boughton, A., Brase, R., Brown, A., Brown, K., Cabunoc Mayes, A., Carroll, I., Chase, J., Childs, S., Choi, J., Clare, R., Clayton, S., Cock, P., Connell, M., Corvellec, M., Coudrat, T., Dale, R., Davis, M., Davis, N., Davison, A., Demichelis, R., Devenyi, G. A., Dolson, E., Dotson, D., Duchesne, L., Duckles, J., Emonet, R., Endsley, K. A., Fauchereau, N., Ford, T., Förstner, K., Gonzalez, I., Gosmann, J., Gosset, J., Gray, J., Greshake, B., Guillou, S., Haley, M., Hames, S., Hamrick, J. B., Hannon, E., Hansen, M., Hertweck, K., Hinsen, K., Hjelm, J., Hodges, T., Howard, D., Irving, D., Jackson, M., Jolly, B., Jones, N., Joyce, B., Ketcheson, D., King, W. T., Klerke, S., Ko, L., Kwong, A., Laken, B., Lapp, H., Latornell, D., Leeman, J. R., Leyder, J.-C., Ligtenberg, W., Lin, J., Lonsdale, A., Manhaes Savio, A., May, R., Mazur, D., Michonneau, F., Mills, B., Mughal, Z., Nederbragt, L., Neufeld, R., O’Leary, A., Obeng, A., Ory, J., Osiecka, N., Pipitone, J., Pinska, A., Poisot, T., Pomorski, P., Raghupathy, N., Rathgeber, F., Rawls, M., Richie-Halford, A., Riley, J., Robitaille, T., Rokem, A., Roswell, M., Sadjadi, M., Sales de Andrade, E., Schmeier, S., Sheneman, L., Shiffer, A., Shkurti, A., Silva, R., Soranzo, N., Spence, E., Srinath, A., Staneva, V., Stapleton, J., Stucky, B., Taylor, C., Teal, T., Telenczuk, B., Thomas, I., Thorne, B., Torres, G., Tröndle, T., Upani, J., Vahtras, O., van der Helm, E., Walsh, A., Walter, N., Weitzel, D., Wheeler, D., White, E., Williamson, E. P., Willmore, F., Wilson, A., Wilson, G., Xiao, X., & Zonca, A. (2017). Software Carpentry: Programming with Python. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.278222

Ahmadia, A., Allen, J., Appling, A., Aubin, S., Bachant, P., Baird, D., Banaszkiewicz, P., Barmby, P., Batut, B., Bekolay, T., Belkin, M., Blischak, J., Bonsma, M., Borrelli, J., Boughton, A., Bouquin, D., Brauning, R., Brett, M., Brown, A., Cabunoc Mayes, A., Charlesworth, J., Charlton, B., Chen, D., Christensen, G., Collings, R., Corvellec, M., Davis, M., Devenyi, G. A., Dolson, E., Duchesne, L., Duckles, J., Emonet, R., Esteve, L., Farsarakis, E., Fauber, B., Fouilloux, A., Forstner, K., Geiger, S., Gonzalez, I., Guarinello, M., Guillou, S., Hadwin, J., Haeni, M., Haessig, P., Hannah, N., Hansen, M., Harihareswara, S., Heilmaier, A., Heroux, M., Hertweck, K., Hilboll, A., Hinsen, K., Huang, D., Ismiraldi, Y., Jackson, M., Jacobs, C., Jarecka, D., Johnston, L. W., Jones, D., Jedrzejewski-Szmek, Z., Kelly, T., King, W. T., Kluyver, T., Konrad, B., Kuzak, M., Küderle, A., Labrie, K., Lapp, H., Latornell, D., Laufersweiler, M., LeBauer, D., Lee, K., Liffers, M., Llebot, C., Loucks, C., Ma, K., Marwaha, K., May, R., Michonneau, F., Mills, B., Mueller, A., Munk, M., Nagraj, V., Nederbragt, L., Nunez-Iglesias, J., O’Brien, B., O’Leary, A., Olsson, C., Panitz, M., Pawsey, C., Pfenninger, S., Pipitone, J., Poisot, T., Preney, P., Rice, T., Riemer, K., Rio Deiros, D., Robinson, N., Rockenberger, A., Rohl, A., Rokem, A., Sacks, B., Sarahan, M., Schmeier, S., Schmider, H., Shellito, P., Shriwise, P. C., Silva, R., Smithyman, B., Soranzo, N., Steinbach, P., Stevens, S., Stueker, O., Stuermer, B., Timbers, T., Traphagen, D., Trondle, T., van der Walt, A., Vandervalk, S., Watson, G., Weaver, B., Wheelhouse, M., White, E., Williamson, E. P., Wilson, G., Wu, S., & Zhang, Q. (2017). Software Carpentry: Version Control with Git. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.278219

Aldazabal Mensa, I., Alexander, H., Allen, J., Alsheikh-Hussain, A., Attali, D., Baird, D., Baltzell, A., Banaszkiewicz, P., Barmby, P., Beagrie, R., Beane, G., Bedini, A., Bekolay, T., Belikov, E., Bell, J., Bill, B., Blin, K., Blischak, J., Boardman, S., Boissonneault, M., Bonnie, J., Boughton, A., Brase, R., Brown, A., Brunson, D., Bryk, J., Buske, O., Cabunoc Mayes, A., Carlise, M., Chen, D., Chung, K., Chung, K., Deveau, D., Devenyi, G. A., Doehle, P., Dolson, E., Doyle, M., Duckles, J., Emonet, R., Eyers, D., Fernandes, F., Fontenelle, H., Gacenga, F., Gardner, P., Gidden, M., Gonzalez, I., Gray, N., Guillou, S., Hagh, V. F., Hansen, M., Harstad, E., Hohenstein, T., Howe, A., Imamoglu, F., Irving, D., Jackson, M., Jane McTavish, E., Jennings, M., Jones, D., Jones, M. A., Keener, A., Keipert, K., Kelly, T., Kim, J. T., King, W. T., Koch, C., Konrad, B., Lake, S., Lang, D., Latornell, D., Lijnzaad, P., Ma, E., Mac, A., Madin, J., Magle, T., Mandel, M., Marini, C., Marwaha, K., Mashchenko, S., McCloy, D., Michonneau, F., Middleton, R., Milhans, J., Mills, B., Miotto, A., Mount, S., Nederbragt, L., Nielsen, D., Nielsen, D., Noga, K., O’Leary, A., Olson, R., Orr, A., Overgard Therkildsen, N., Palamartchouk, K., Perry, A., Peterson, M., Pipitone, J., Poisot, T., Pourreza, H., Povall, T., Richie-Halford, A., Ritchie, S., Rocha, C. B., Ross, N., Rydbeck, H., Sadjadi, M., Sanders, S., Schloss, P., Seyffert, B., Shattow, G., Silva, R., Simpkin, S., Simpson, J., Smith, B., Sobhani, A., Soranzo, N., Srinath, A., Standage, D., Staton, M., Steinbach, P., Stimberg, M., Telenczuk, B., Thoele, F., Timbers, T., Turner, S., van der Walt, A., van Schyndel, J., Vollmer, D., von der Linden, J., Walker, A., Waterfall, J., Watson, G., White, E., Williamson, E. P., Willing, C., Wilson, G., Winston, D., Wolff, H., Young, L., & Zamparo, L. (2017). Software Carpentry: The Unix Shell. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.278226

Allen, J., Bachant, P., Banaszkiewicz, P., Bekolay, T., Blischak, J., Boissonneault, M., Boughton, A., Cabunoc Mayes, A., Capes, G., Devenyi, G. A., Digges, D., Duckles, J., Emonet, R., Fraser, A., Hansen, M., Hertweck, K., Irber, L., Jackson, M., King, W. T., Liu, G., Michonneau, F., Mills, B., Nederbragt, L., O’Leary, A., Pipitone, J., Poisot, T., Richie-Halford, A., Sherman, J., Silva, R., Smith, B., St-Onge, P.-L., Teucher, A., Williamson, E. P., & Wilson, G. (2017). Software Carpentry: Automation and Make. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.278220

Wilson, G., Becker, E., McKay, S., Michonneau, F., Williams, J. J., Mayes, A. C., Silva, R., (hoytpr), P., Crosby, K., Nederbragt, L., NielInfante, Psomopoulos, F. E., Gourlé, H., (gaiusjaugustus), G., dbmarchant, Emonet, R., Cock, P., Banaszkiewicz, P., Teal, T., HLindsay, Thomas, A., Hamm, C., Allen, J., Jordan, K. L., EvanWill, Belkin, M., Pipitone, J., Young, N., Tang, M., Paudel, D., synesthesiam, Mills, B., Devenyi, G. A., Carroll, I., King, T. W., & gtehennepe. (2017). Data Carpentry Wrangling Genomics Lesson. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.1064254