Januar 2024

Sammendrag

Jeg er førstelektor ved Universitetet i Oslo (UiO), og har undervist i realfag i mange år. Jeg er en erfaren utdanner som har studentenes læring som hovedfokus. Jeg er opptatt av hvordan vi kan øke den pedagogiske kompetansen hos de som er involvert i min egen og andres kurs.

Baklengsdesign og meningsfult samsvar (også kalt samstemt undervisning) er to pedagogiske prinsipper som er sentrale i mitt arbeid. Studentaktiv læring er utgangspunktet når jeg planlegger undervisningen. Å integrere digitale verktøy på en pedagogisk måte for å fremme studentenes læring er noe som står sentralt i alt jeg gjør.

Jeg leder implementeringen av “Computing in Science Education”, integrasjon av beregninger og programmering, i bachelorprogrammet Biovitenskap. Som en del av dette har jeg utviklet førstesemesterkurset “Innføring i beregningsmodeller for biovitenskap” (BIOS1100), der jeg underviser nye biovitenskapsstudenter i matematisk modellering av biologiske problemer ved bruk av programmering i Python.

For Senter for Bioinformatikk utvikler jeg og koordinerer en portefølje av studiepoenggivende kurs og workshops.

Mitt arbeid ved UiO resulterte i at jeg i 2023 ble utnevnt som Merittert Utdanner ved universitetet.

Arbeidserfaring

  • 2018- Førstelektor, Inst. for Biovitenskap og Inst. for Informatikk, UiO
  • 2018- Nestleder med hovedansvar for koordinering av utdanningsaktiviteter, Senter for Bioinformatikk, Inst. for Informatikk, UiO
  • 2013-2018 Førsteamanuensis II (20%), Inst. for Informatikk, UiO
  • 2015-2018 Senior ingeniør (fast stilling), Inst. for Biovitenskap, UiO
  • 2005-2018 Postdoktor, forsker, Senior ingeniør, Inst. for Biovitenskap, UiO
  • 2003-2005 Senior Scientist, Lingvitae AS, Oslo
  • 2002-2003 Postdoktor, University of Hawaii, USA

Merittering

Jeg ble utnevnt merittert utdanner ved Universitetet i Oslo i 2023. Søknaden jeg skrev kan leses på denne siden.

Universitetspedagogisk kompetanse

  • Jeg tok Felles innføringsdel for Universitetspedagogisk Basiskompetanse i 2014 som 20% 1. amanuensis II
  • Jeg fullførte Felles innføringsdel for Universitetspedagogisk Basiskompetanse i 2019
  • Jeg fullførte følgende enkeltmoduler i tillegg til Fellesdelen:
    • Forskningsveiledning (2014)
    • Forelesning og undervisning - det dramaturgiske aspekt (2015)
    • Pedagogisk mappe (2020)
    • Læring og undervisning med universell utforming (2022)

Utdanning

  • PhD Biologi, Utrecht Graduate School of Developmental Biology, Universitetet i Utrecht, Nederland (1997-2001)
  • BSc & MSc Biologi, Universitetet i Utrecht, Nederland (1990-1996)

Lederutdanning

  • Ledelse av team og grupper, UiO, i regi av Moment Consulting (2023)
  • Forskerledelse for midlertidig vitenskapelige ansatte ved Biologisk institutt, UiO, i regi av Storyboard/Stride.no (2009)
  • Research management for Phd students, NIBI (Netherlands Institute for Biology) (2000)

Universitetsundervisning

  • MNPED9000 Teaching in STEM (2022-)
    • Tema: Formative assessment
    • Tema: Cognitive load and learning environment
  • BIOS1100 Innføring i beregningsmodeller for biovitenskap (emneansvarlig) (2017-)
    • Innføring i å lage og eksperimentere med enkle modeller av biologiske systemer med hjelp av programmeringsspråket Python
  • BIOS-IN5410/9410 Bioinformatics for Molecular Biology (2021-)
    • Tema: Reproducible Bioinformatic Analyses
  • MBV3070/BIOS3010 Bioinformatikk (2019-2022)
    • Tema: Python programmering
    • Tema: Genome assembly and annotation
  • INF-BIO5121/9121 High Throughput Sequencing technologies and bioinformatics analysis (emneansvarlig) (2012-2016)
    • Bioinformatikk for master og PhD studenter i informatikk og bioinformatikk
  • MBV-INF4410/9410 Bioinformatics for Molecular Biology (2013-2016)
    • Forelesning “The bioinformatics of sequencing and assembling genomes”
    • Forelesning “What does it mean to do bioinformatics?”
  • BIO9905MERG1 - Bioinformatics for Metagenomic Analyses and Environmental Sequencing (2011)
    • Forelesning “Next Generation Sequencing techniques and data relevant for metagenomics analyses”
    • Forelesning “Assembly of metagenomes”
  • BIO2120 Evolusjonsbiologi (2006-2007)
    • Forelesning “Evolution and Development”
    • Forelesning “Evolution of Genes and Genomes”
    • Oppgaver for gruppearbeid
  • Erasmus ICP course Marine Cell Biology, Observatoire Oceanologique, Banyuls-sur-mer, Frankrike (2000)
    • Forelesning “Fundamental aspects of development”
    • Forelesning “Cell cycle changes during development”

Annen relevant erfaring

Forskning på egen undervisning

Jeg var en av veiledere for fire lektorstudenter som tok en masteroppgaver der de studerte studenter som tok mitt kurs BIOS1100:

June Edvardsen skrev en artikkel basert på dette arbeidet, som ble publisert i Nordic Journal of STEM Education: https://doi.org/10.5324/njsteme.v5i1.3917.

Relevante vitenskapelige publikasjoner

  • Eliassen, J. E., Bøe, M. V., Nederbragt, L., & Gregers, T. F. (2021). Motivasjon for Beregnings- orientert Biologi Og Sammenhengen Med Matematikk R2 Fra Videregående Opplæring. Nordic Journal of STEM Education, 5(1). https://doi.org/10.5324/njsteme.v5i1.3917
  • Nederbragt, A., Harris, R. M., Hill, A. P., & Wilson, G. (2020). Ten Quick Tips for Teaching with Participatory Live Coding. PLOS Computational Biology, 16(9), e1008090. https: //doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008090
  • Word, K., Sane, M., …, Nederbragt, L., …, & Mohanan, A. V. (2021, november). Carpentries/Instructor-Training: The Carpentries Instructor Training November 2021. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.5709383

Fullstendig publikasjonsliste finnes på min hjemmeside.

Utdanningsfaglige utviklingsprosjekter

The Carpentries

The Carpentries er en global organisasjon som utdanner forskere i dataanalyse og programmering ved hjelp av frivillige instruktører. Jeg er en sertifisert instruktør for organisasjonen og organiserer og leder slike workshops i Norge og Sverige.

Jeg tok initiativ i 2013, med støtte fra Realfagblioteket (UiO), å etablere Carpentry@UiO, uio.no/carpentry som jevnlig arrangerer workshops og kurs for forskere ved UiO.

Jeg har tidligere også vært en sertifisert Carpentries instruktørtrener, der jeg organiserte workshops for forskere som ønsker å bli instruktør for The Carpentries.

The Carpentries workshops

  • Universitetet i Oslo (2012-2023)
  • Netherlands eScience Centre (2017)
  • Universitetet i Bergen (2014)
  • Science for Life Laboratory, Stockholm, Sverige (2014)

Carpentries Instructor Training workshops

  • Universitetet i OslO (2016-2018)
  • The Carpentries - online (2016-2019)

Verv

Andre verv

–>

  • Medlem Fagråd for IT i Utdanning, UiO (2022-)
  • Medlem Arbeidsgruppen Bachelorprogrammet Biovitenskap (2022-2023)
  • Medlem Arbeidsgruppen Masterplan for IT ved Universitetet i Oslo (2018-2019)

Sensorerfaring

  • Internsensor for masteroppgaver ved Institutt for Informatikk, UiO (2018)
  • Eksternsensor for masteroppgave ved NMBU (Norges miljø- og biovitenskapelige universitet) (2023)

Programmeringsspråk og verktøy

  • Python: kompetent utøver
  • R: begynner
  • Bash (unix shell): kompetent utøver
  • Versjonskontroll (git): kompetent utøver

Programvare

Github: https://github.com/lexnederbragt

  • canvasCourseCli: Kommandolinjeverktøy for å laste ned, legge til og oppdatere innhold, sider og filer for kursrom i læringsplattformen Canvas.

Språk

  • Nederlandsk: morsmål, utmerket muntlig/skrevet
  • Engelsk: utmerket muntlig/skrevet
  • Norsk: utmerket muntlig/skrevet
  • Tysk: muntlig

Frivillighetsarbeid

  • Leder, ‘kodeklubben Bærum’ (del av Lær Kidsa Koding), tilbyr kodingskurs til barn fra 8 til 14 (2016-2018)
  • Styremedlem Hiltonåsen boligsameiet, Slependen (2009-2015, varamedlem f.o.m 2021) <!– * Styremedlem sangkoret ‘Saudade’, Utrecht, Nederland (2000-2001)
  • Styremedlem studenters rokblubb ‘A.U.S.R. Orca’, Utrecht, Nederland (1994-1999) –>

Referanser

Publikasjonsliste

See også min Google Scholar profil eller ORCID side.

Peer-reviewed publications

Reinar, W. B., Tørresen, O. K., Nederbragt, A. J., Matschiner, M., Jentoft, S., & Jakobsen, K. S. (2023). Teleost genomic repeat landscapes in light of diversification rates and ecology. Mobile DNA, 14(1),

  1. https://doi.org/10.1186/s13100-023-00302-9

Eliassen, J. E., Bøe, M. V., Nederbragt, L., & Gregers, T. F. (2021). Motivasjon for beregningsorientert biologi og sammenhengen med matematikk R2 fra videregående opplæring. Nordic Journal of STEM Education, 5(1). https://doi.org/10.5324/njsteme.v5i1.3917

Grytten, I., Rand, K. D., Nederbragt, A. J., & Sandve, G. K. (2020). Assessing graph-based read mappers against a baseline approach highlights strengths and weaknesses of current methods. BMC Genomics, 21(1), 282. https://doi.org/10.1186/s12864-020-6685-y

Khelik, K., Sandve, G. K., Nederbragt, A. J., & Rognes, T. (2020). NucBreak: Location of structural errors in a genome assembly by using paired-end Illumina reads. BMC Bioinformatics, 21(1), 66. https://doi.org/10.1186/s12859-020-3414-0

Nederbragt, A., Harris, R. M., Hill, A. P., & Wilson, G. (2020). Ten quick tips for teaching with participatory live coding. PLOS Computational Biology, 16(9), e1008090. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008090

Grytten, I., Rand, K. D., Nederbragt, A. J., Storvik, G. O., Glad, I. K., & Sandve, G. K. (2019). Graph Peak Caller: Calling ChIP-seq peaks on graph-based reference genomes. PLOS Computational Biology, 15(2), e1006731. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006731

Jørgensen, T. E., Karlsen, B. O., Emblem, Å., Breines, R., Andreassen, M., Rounge, T. B., Nederbragt, A. J., Jakobsen, K. S., Nymark, M., Ursvik, A., Coucheron, D. H., Jakt, L. M., Nordeide, J. T., Moum, T., & Johansen, S. D. (2018). Mitochondrial genome variation of Atlantic cod. BMC Research Notes, 11, 397. https://doi.org/10.1186/s13104-018-3506-3

Lie, K. K., Tørresen, O. K., Solbakken, M. H., Rønnestad, I., Tooming-Klunderud, A., Nederbragt, A. J., Jentoft, S., & Sæle, Ø. (2018). Loss of stomach, loss of appetite? Sequencing of the ballan wrasse (Labrus bergylta) genome and intestinal transcriptomic profiling illuminate the evolution of loss of stomach function in fish. BMC Genomics, 19, 186. https://doi.org/10.1186/s12864-018-4570-8

Tørresen, O. K., Brieuc, M. S. O., Solbakken, M. H., Sørhus, E., Nederbragt, A. J., Jakobsen, K. S., Meier, S., Edvardsen, R. B., & Jentoft, S. (2018). Genomic architecture of haddock (Melanogrammus aeglefinus) shows expansions of innate immune genes and short tandem repeats. BMC Genomics, 19. https://doi.org/10.1186/s12864-018-4616-y

Varadharajan, S., Sandve, S. R., Gillard, G. B., Tørresen, O. K., Mulugeta, T. D., Hvidsten, T. R., Lien, S., Asbjørn Vøllestad, L., Jentoft, S., Nederbragt, A. J., & Jakobsen, K. S. (2018). The Grayling Genome Reveals Selection on Gene Expression Regulation after Whole-Genome Duplication. Genome Biology and Evolution, 10(10), 2785–2800. https://doi.org/10.1093/gbe/evy201

Elgvin, T. O., Trier, C. N., Tørresen, O. K., Hagen, I. J., Lien, S., Nederbragt, A. J., Ravinet, M., Jensen, H., & Sætre, G.-P. (2017). The genomic mosaicism of hybrid speciation. Science Advances, 3(6), e1602996. https://doi.org/10.1126/sciadv.1602996

Khelik, K., Lagesen, K., Sandve, G. K., Rognes, T., & Nederbragt, A. J. (2017). NucDiff: In-depth characterization and annotation of differences between two sets of DNA sequences. BMC Bioinformatics, 18, 338. https://doi.org/10.1186/s12859-017-1748-z

Rand, K. D., Grytten, I., Nederbragt, A. J., Storvik, G. O., Glad, I. K., & Sandve, G. K. (2017). Coordinates and intervals in graph-based reference genomes. BMC Bioinformatics, 18, 263. https://doi.org/10.1186/s12859-017-1678-9

Simovski, B., Vodak, D., Gundersen, S., Domanska, D., Abdulrahman Azab, Holden, L., Holden, M., Grytten, I., Rand, K., Drablos, F., Johansen, M., Mora, A., Lund-Andersen, C., Fromm, B., Eskeland, R., Gabrielsen, O. S., Ferkingstad, E., Sigve Nakken, Bengtsen, M., Nederbragt, A. J., Thorarensen, H. S., Akse, J. A., Glad, I., Hovig, E., & Sandve, G. K. (2017). Gsuite HyperBrowser Version2.0b. GigaScience Database. https://doi.org/10.5524/100292

Simovski, B., Vodák, D., Gundersen, S., Domanska, D., Azab, A., Holden, L., Holden, M., Grytten, I., Rand, K., Drabløs, F., Johansen, M., Mora, A., Lund-Andersen, C., Fromm, B., Eskeland, R., Gabrielsen, O. S., Ferkingstad, E., Nakken, S., Bengtsen, M., Nederbragt, A. J., Sif Thorarensen, H., Andreas Akse, J., Glad, I., Hovig, E., & Sandve, G. K. (2017). GSuite HyperBrowser: Integrative analysis of dataset collections across the genome and epigenome. GigaScience. https://doi.org/10.1093/gigascience/gix032

Tørresen, O. K., Star, B., Jentoft, S., Reinar, W. B., Grove, H., Miller, J. R., Walenz, B. P., Knight, J., Ekholm, J. M., Peluso, P., Edvardsen, R. B., Tooming-Klunderud, A., Skage, M., Lien, S., Jakobsen, K. S., & Nederbragt, A. J. (2017). An improved genome assembly uncovers prolific tandem repeats in Atlantic cod. BMC Genomics, 18(1), 95. https://doi.org/10.1186/s12864-016-3448-x

Wilson, G., Bryan, J., Cranston, K., Kitzes, J., Nederbragt, L., & Teal, T. K. (2017). Good enough practices in scientific computing. PLOS Computational Biology, 13(6), e1005510. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005510

Frank, J. A., Pan, Y., Tooming-Klunderud, A., Eijsink, V. G. H., McHardy, A. C., Nederbragt, A. J., & Pope, P. B. (2016). Improved metagenome assemblies and taxonomic binning using long-read circular consensus sequence data. Scientific Reports, 6, 25373. https://doi.org/10.1038/srep25373

Lien, S., Koop, B. F., Sandve, S. R., Miller, J. R., Kent, M. P., Nome, T., Hvidsten, T. R., Leong, J. S., Minkley, D. R., Zimin, A., Grammes, F., Grove, H., Gjuvsland, A., Walenz, B., Hermansen, R. A., von Schalburg, K., Rondeau, E. B., Di Genova, A., Samy, J. K. A., Olav Vik, J., Vigeland, M. D., Caler, L., Grimholt, U., Jentoft, S., Inge Våge, D., de Jong, P., Moen, T., Baranski, M., Palti, Y., Smith, D. R., Yorke, J. A., Nederbragt, A. J., Tooming-Klunderud, A., Jakobsen, K. S., Jiang, X., Fan, D., Hu, Y., Liberles, D. A., Vidal, R., Iturra, P., Jones, S. J. M., Jonassen, I., Maass, A., Omholt, S. W., & Davidson, W. S. (2016). The Atlantic salmon genome provides insights into rediploidization. Nature, 533(7602), 200–205. https://doi.org/10.1038/nature17164

Malmstrøm, M., Matschiner, M., Tørresen, O. K., Star, B., Snipen, L. G., Hansen, T. F., Baalsrud, H. T., Nederbragt, A. J., Hanel, R., Salzburger, W., Stenseth, N. C., Jakobsen, K. S., & Jentoft, S. (2016). Evolution of the immune system influences speciation rates in teleost fishes. Nature Genetics, 48(10), 1204–1210. https://doi.org/10.1038/ng.3645

Solbakken, M. H., Tørresen, O. K., Nederbragt, A. J., Seppola, M., Gregers, T. F., Jakobsen, K. S., & Jentoft, S. (2016). Evolutionary redesign of the Atlantic cod (Gadus Morhua L.) Toll-like receptor repertoire by gene losses and expansions. Scientific Reports, 6, 25211. https://doi.org/10.1038/srep25211

Star, B., Tørresen, O. K., Nederbragt, A. J., Jakobsen, K. S., Pampoulie, C., & Jentoft, S. (2016). Genomic characterization of the Atlantic cod sex-locus. Scientific Reports, 6, 31235. https://doi.org/10.1038/srep31235

Brembu, T., Winge, P., Tooming-Klunderud, A., Nederbragt, A. J., Jakobsen, K. S., & Bones, A. M. (2014). The chloroplast genome of the diatom Seminavis robusta: New features introduced through multiple mechanisms of horizontal gene transfer. Marine Genomics, 16, 17–27. https://doi.org/10.1016/j.margen.2013.12.002

Hermansen, J. S., Haas, F., Trier, C. N., Bailey, R. I., Nederbragt, A. J., Marzal, A., & Sætre, G.-P. (2014). Hybrid speciation through sorting of parental incompatibilities in Italian sparrows. Molecular Ecology, 23(23), 5831–5842. https://doi.org/10.1111/mec.12910

Nederbragt, A. J. (2014). On the middle ground between open source and commercial software - the case of the Newbler program. Genome Biology, 15(4), 113. https://doi.org/10.1186/gb4173

Röblitz, T., Saastad, O. W., Eide, H. A., Michalickova, K., Nederbragt, A. J., & Star, B. (2014). Scaling of Biological Data Work ows to Large HPC Systems - A Case Study in Marine Genomics -. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.823031

Siddiqui, H., Lagesen, K., Nederbragt, A. J., Eri, L. M., Jeansson, S. L., & Jakobsen, K. S. (2014). Pathogens in Urine from a Female Patient with Overactive Bladder Syndrome Detected by Culture-independent High Throughput Sequencing: A Case Report. The Open Microbiology Journal, 8(1). https://doi.org/10.2174/1874285801408010148

Star, B., Nederbragt, A. J., Hansen, M. H. S., Skage, M., Gilfillan, G. D., Bradbury, I. R., Pampoulie, C., Stenseth, N. C., Jakobsen, K. S., & Jentoft, S. (2014). Palindromic Sequence Artifacts Generated during Next Generation Sequencing Library Preparation from Historic and Ancient DNA. PLOS ONE, 9(3), e89676. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089676

Tooming-Klunderud, A., Sogge, H., Rounge, T. B., Nederbragt, A. J., Lagesen, K., Glöckner, G., Hayes, P. K., Rohrlack, T., & Jakobsen, K. S. (2013). From Green to Red: Horizontal Gene Transfer of the Phycoerythrin Gene Cluster between Planktothrix Strains. Appl. Environ. Microbiol., 79(21), 6803–6812. https://doi.org/10.1128/AEM.01455-13

Espelund, M., Minge, M. A., Gabrielsen, T. M., Nederbragt, A. J., Shalchian-Tabrizi, K., Otis, C., Turmel, M., Lemieux, C., & Jakobsen, K. S. (2012). Genome Fragmentation Is Not Confined to the Peridinin Plastid in Dinoflagellates. PLOS ONE, 7(6), e38809. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0038809

Logares, R., Haverkamp, T. H. A., Kumar, S., Lanzén, A., Nederbragt, A. J., Quince, C., & Kauserud, H. (2012). Environmental microbiology through the lens of high-throughput DNA sequencing: Synopsis of current platforms and bioinformatics approaches. Journal of Microbiological Methods, 91(1), 106–113. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2012.07.017

Siddiqui, H., Lagesen, K., Nederbragt, A. J., Jeansson, S. L., & Jakobsen, K. S. (2012). Alterations of microbiota in urine from women with interstitial cystitis. BMC Microbiology, 12(1), 205. https://doi.org/10.1186/1471-2180-12-205

Brede, D. A., Snipen, L. G., Ussery, D. W., Nederbragt, A. J., & Nes, I. F. (2011). Complete Genome Sequence of the Commensal Enterococcus faecalis 62, Isolated from a Healthy Norwegian Infant. Journal of Bacteriology, 193(9), 2377–2378. https://doi.org/10.1128/JB.00183-11

Gabrielsen, T. M., Minge, M. A., Espelund, M., Tooming-Klunderud, A., Patil, V., Nederbragt, A. J., Otis, C., Turmel, M., Shalchian-Tabrizi, K., Lemieux, C., & Jakobsen, K. S. (2011). Genome Evolution of a Tertiary Dinoflagellate Plastid. PLOS ONE, 6(4), e19132. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0019132

Siddiqui, H., Nederbragt, A. J., Lagesen, K., Jeansson, S. L., & Jakobsen, K. S. (2011). Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiology, 11(1), 244. https://doi.org/10.1186/1471-2180-11-244

Star, B., Nederbragt, A. J., Jentoft, S., Grimholt, U., Malmstrøm, M., Gregers, T. F., Rounge, T. B., Paulsen, J., Solbakken, M. H., Sharma, A., Wetten, O. F., Lanzén, A., Winer, R., Knight, J., Vogel, J.-H., Aken, B., Andersen, Ø., Lagesen, K., Tooming-Klunderud, A., Edvardsen, R. B., Tina, K. G., Espelund, M., Nepal, C., Previti, C., Karlsen, B. O., Moum, T., Skage, M., Berg, P. R., Gjøen, T., Kuhl, H., Thorsen, J., Malde, K., Reinhardt, R., Du, L., Johansen, S. D., Searle, S., Lien, S., Nilsen, F., Jonassen, I., Omholt, S. W., Stenseth, N. C., & Jakobsen, K. S. (2011). The genome sequence of Atlantic cod reveals a unique immune system. Nature, 477(7363), 207–210. https://doi.org/10.1038/nature10342

Løvoll, M., Wiik-Nielsen, J., Grove, S., Wiik-Nielsen, C. R., Kristoffersen, A. B., Faller, R., Poppe, T., Jung, J., Pedamallu, C. S., Nederbragt, A. J., Meyerson, M., Rimstad, E., & Tengs, T. (2010). A novel totivirus and piscine reovirus (PRV) in Atlantic salmon (Salmo salar) with cardiomyopathy syndrome (CMS). Virology Journal, 7(1),

  1. https://doi.org/10.1186/1743-422X-7-309

Nederbragt, A. J., Rounge, T. B., Kausrud, K. L., & Jakobsen, K. S. (2010). Identification and Quantification of Genomic Repeats and Sample Contamination in Assemblies of 454 Pyrosequencing Reads. Sequencing. Research Article, https://www.hindawi.com/journals/sequencing/2010/782465/. https://doi.org/10.1155/2010/782465

Wetten, O. F., Nederbragt, A. J., Wilson, R. C., Jakobsen, K. S., Edvardsen, R. B., & Andersen, Ø. (2010). Genomic organization and gene expression of the multiple globins in Atlantic cod: Conservation of globin-flanking genes in chordates infers the origin of the vertebrate globin clusters. BMC Evolutionary Biology, 10(1), 315. https://doi.org/10.1186/1471-2148-10-315

Johansen, S. D., Coucheron, D. H., Andreassen, M., Karlsen, B. O., Furmanek, T., Jørgensen, T. E., Emblem, Å., Breines, R., Nordeide, J. T., Moum, T., Nederbragt, A. J., Stenseth, N. C., & Jakobsen, K. S. (2009). Large-scale sequence analyses of Atlantic cod. New Biotechnology, 25(5), 263–271. https://doi.org/10.1016/j.nbt.2009.03.014

Rounge, T. B., Rohrlack, T., Nederbragt, A. J., Kristensen, T., & Jakobsen, K. S. (2009). A genome-wide analysis of nonribosomal peptide synthetase gene clusters and their peptides in a Planktothrix rubescens strain. BMC Genomics, 10(1), 396. https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-396

Siddiqui, H., Nederbragt, A. J., & Jakobsen, K. S. (2009). A solid-phase method for preparing human DNA from urine for diagnostic purposes. Clinical Biochemistry, 42(10), 1128–1135. https://doi.org/10.1016/j.clinbiochem.2009.03.010

Nederbragt, A. J., Balasingham, A., Sirevåg, R., Utkilen, H., Jakobsen, K. S., & Anderson-Glenna, M. J. (2008). Multiple-locus variable-number tandem repeat analysis of Legionella pneumophila using multi-colored capillary electrophoresis. Journal of Microbiological Methods, 73(2), 111–117. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2008.02.007

Lespinet, O., Nederbragt, A. J., Cassan, M., Dictus, W. J., van Loon, A. E., & Adoutte, A. (2002). Characterisation of two snail genes in the gastropod mollusc Patella vulgata. Implications for understanding the ancestral function of the snail-related genes in Bilateria. Development Genes and Evolution, 212(4), 186–195. https://doi.org/10.1007/s00427-002-0228-1

Nederbragt, A. J., Lespinet, O., Wageningen, S. V., Loon, A. E. V., Adoutte, A., & Dictus, W. J. A. G. (2002). A lophotrochozoan twist gene is expressed in the ectomesoderm of the gastropod mollusk Patella vulgata. Evolution & Development, 4(5), 334–343. https://doi.org/10.1046/j.1525-142X.2002.02020.x

Nederbragt, A. J., te Welscher, P., van den Driesche, S., van Loon, A. E., & Dictus, W. J. (2002). Novel and conserved roles for orthodenticle/otx and orthopedia/otp orthologs in the gastropod mollusc Patella vulgata. Development Genes and Evolution, 212(7), 330–337. https://doi.org/10.1007/s00427-002-0246-z

Nederbragt, A. J., van Loon, A. E., & Dictus, W. J. A. G. (2002a). Evolutionary biology: Hedgehog crosses the snail’s midline. Nature, 417(6891), 811–812. https://doi.org/10.1038/417811b

Nederbragt, A. J., van Loon, A. E., & Dictus, W. J. A. G. (2002b). Expression of Patella vulgata Orthologs of engrailed and dpp-BMP2/4 in Adjacent Domains during Molluscan Shell Development Suggests a Conserved Compartment Boundary Mechanism. Developmental Biology, 246(2), 341–355. https://doi.org/10.1006/dbio.2002.0653

van der Kooij, A., Nederbragt, A. J., Goedemans, H. J., & van Loon, AndréE. (1996). The stringlike genes of the limpet Patella vulgata. Gene, 172(2), 261–265. https://doi.org/10.1016/0378-1119(96)00164-3

Conference Contributions

Eliassen, J. E., Bøe, M. V., Nederbragt, L., & Gregers, T. F. (2021). Motivasjon for beregningsorientert biologi og sammenhengen med matematikk R2 fra videregående opplæring. Nordic Journal of STEM Education, 5(1). https://doi.org/10.5324/njsteme.v5i1.3917

Gregers, T. F., & Nederbragt, L. (2019). Lektorstudenter utvikler unik kompetanse og bidrar til økt kvalitet på begynneremner gjennom en undervisningsrettet master. Nordic Journal of STEM Education, 3(1), 23–27. https://doi.org/10.5324/njsteme.v3i1.2992

Book chapters

Tørresen, O. K., Rise, M. L., Jin, X., Star, B., MacKenzie, S., Jakobsen, K. S., Nederbragt, A. J., & Jentoft, S. (2016). 3 - An improved version of the Atlantic cod genome and advancements in functional genomics: Implications for the future of cod farming. In Genomics in Aquaculture (pp. 45–72). San Diego: Academic Press. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-801418-9.00003-2

Tørresen, O. K., Star, B., Jentoft, S., Jakobsen, K. S., & Nederbragt, A. J. (2016). 1 - The new era of genome sequencing using high-throughput sequencing technology: Generation of the first version of the Atlantic cod genome. In Genomics in Aquaculture (pp. 1–20). San Diego: Academic Press. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-801418-9.00001-9

Thesis

Nederbragt, A. J. (2002). The evolution of developmental programs : a case study in the gastropod mollusc Patella vulgata (Dissertation). Retrieved from http://dspace.library.uu.nl/handle/1874/213

Software publications

Crusoe, M. R., Alameldin, H. F., Awad, S., Boucher, E., Caldwell, A., Cartwright, R., Charbonneau, A., Constantinides, B., Edvenson, G., Fay, S., Fenton, J., Fenzl, T., Fish, J., Garcia-Gutierrez, L., Garland, P., Gluck, J., González, I., Guermond, S., Guo, J., Gupta, A., Herr, J. R., Howe, A., Hyer, A., Härpfer, A., Irber, L., Kidd, R., Lin, D., Lippi, J., Mansour, T., McA’Nulty, P., McDonald, E., Mizzi, J., Murray, K. D., Nahum, J. R., Nanlohy, K., Nederbragt, A. J., Ortiz-Zuazaga, H., Ory, J., Pell, J., Pepe-Ranney, C., Russ, Z. N., Schwarz, E., Scott, C., Seaman, J., Sievert, S., Simpson, J., Skennerton, C. T., Spencer, J., Srinivasan, R., Standage, D., Stapleton, J. A., Steinman, S. R., Stein, J., Taylor, B., Trimble, W., Wiencko, H. L., Wright, M., Wyss, B., Zhang, Q., zyme, en, & Brown, C. T. (2015). The khmer software package: Enabling efficient nucleotide sequence analysis. F1000Research. https://doi.org/10.12688/f1000research.6924.1

Published lesson materials

Word, K., Sane, M., Barnes, K., Brown, S. M., Michonneau, F., Koch, C., Harris, R. M., Becker, E., Ballsun-Stanton, B., Capes, G., Hodges, T., Njambi, S., Stevens, S., Kamvar, Z. N., Li, A., Deardorff, A., Eranti, P., Hurt, S., Nenadic, A., Jankowski, E., Jordan, Dr. K. L., Heirendt, L., Cadzow, M., Tran, A., Robitaille, A. L., Ball, A. J., Peterson, B., de Kock, C., Chen, D., Vanichkina, D. P., Pérez-Suárez, McAulay, E., Milunovich, G., PROFITI, G., Gruson, H., Oliver, J., Duckles, J., Juvonen, M., Förstner, K. U., Nederbragt, L., Stokes, L., Stoffers, M., Black, M., Henry, M., Davis, N., Peter, S., Sichong, Liang, T., & Mohanan, A. V. (2021, November). Carpentries/instructor-training: The carpentries instructor training november 2021. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.5709383

Becker, E. A., Koch, C., Word, K., Harris, R. M., Sane, M., Nederbragt, L., Michonneau, F., Jordan, K. L., Hodge, A. E., Erdmann, C., Rokem, A., Laderas, T., Wilson, G., Lee, I., Cadzow, M., Brown, S., Hodges, T., Nenadic, A., Duckles, J., Rampin, R., Teal, T., Leinweber, K., Martinez, P. A., Emonet, R., Konovalov, A., Jankowski, E., Capes, G., Williams, J., Koziar, K., Palopoli, N., Spies, N., Weber, A., amoskane, Schürch, A., AnnaWilliford, Brian Ballsun-Stanton, Oliver, J., Black, M., Kindlon, N., Guillou, S., Yehudi, Y., Walsh, A. J., Collier, A. B., Switzer, C., Brueffer, C., Morris, C., Allan, D., DanielBrett, Quinn, D., Vanichkina, D., Jennings, D., davidbenncsiro, Williamson, E. P., Gates, J. M., Atzberger, J., Bradley, J., Pellman, J., Bradley, J., Cranston, K., Kees den Heijer, Laurence, Marie-Helene Burle, Henry, M., naught101, Davis, N., Tierney, N., Petraea, Brown, S. M., Stevens, S., satya-vinay, Sean, Kiburu, S. A. N., Helfrich, S., Moss, S., & Pereira, T. M. D. (2019). The Carpentries Instructor Training June 2019. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.3258398

Ahmadia, A., Allen, J., Banaszkiewicz, P., Becker, E., Bekolay, T., Belkin, M., Blischak, J., Boughton, A., Bray, E., Cabunoc Mayes, A., Carroll, I., Crouch, S., Davis, M., Davis, N., Devenyi, G. A., Duckles, J., Emonet, R., Fortin, F.-A., Gonzalez, I., Hamm, C., Hansen, M., Harris, R. M., Henninger, F., Hertweck, K., Hinsen, K., Hodge, A., Jackson, M., King, W. T., Kitzes, J., Koch, C., Lang, D., Liversidge, T., Michonneau, F., Mills, B., Nederbragt, L., Nelson, E., O’Leary, A., Ortiz-Zuazaga, H., Patitsas, E., Pawlik, A., Perez, F., Pipitone, J., Poisot, T., Rokem, A., Silva, R., Steyn, J., Teal, T., Tröndle, T., Tweedie, F., van der Walt, A., Vie, J.-J., Walker, J., Walsh, A., Weaver, B., White, E., Wilkerson, C., Williams, J., Williamson, E. P., Wilson, G., & Woo, K. (2017, February). Software Carpentry: Instructor Training. https://doi.org/10.5281/zenodo.278229

Achterberg, H., Adams, J., Adelman, J., Allen, J., Aranda, J., Bae, S., Banaszkiewicz, P., Barmby, P., Barr, E., Beitey, D., Bekolay, T., Berghold, J., Bjørnstad, M., Blischak, J., Boissonneault, M., Bosley, C., Bostroem, A., Boughton, A., Brase, R., Brown, A., Brown, K., Cabunoc Mayes, A., Carroll, I., Chase, J., Childs, S., Choi, J., Clare, R., Clayton, S., Cock, P., Connell, M., Corvellec, M., Coudrat, T., Dale, R., Davis, M., Davis, N., Davison, A., Demichelis, R., Devenyi, G. A., Dolson, E., Dotson, D., Duchesne, L., Duckles, J., Emonet, R., Endsley, K. A., Fauchereau, N., Ford, T., Förstner, K., Gonzalez, I., Gosmann, J., Gosset, J., Gray, J., Greshake, B., Guillou, S., Haley, M., Hames, S., Hamrick, J. B., Hannon, E., Hansen, M., Hertweck, K., Hinsen, K., Hjelm, J., Hodges, T., Howard, D., Irving, D., Jackson, M., Jolly, B., Jones, N., Joyce, B., Ketcheson, D., King, W. T., Klerke, S., Ko, L., Kwong, A., Laken, B., Lapp, H., Latornell, D., Leeman, J. R., Leyder, J.-C., Ligtenberg, W., Lin, J., Lonsdale, A., Manhaes Savio, A., May, R., Mazur, D., Michonneau, F., Mills, B., Mughal, Z., Nederbragt, L., Neufeld, R., O’Leary, A., Obeng, A., Ory, J., Osiecka, N., Pipitone, J., Pinska, A., Poisot, T., Pomorski, P., Raghupathy, N., Rathgeber, F., Rawls, M., Richie-Halford, A., Riley, J., Robitaille, T., Rokem, A., Roswell, M., Sadjadi, M., Sales de Andrade, E., Schmeier, S., Sheneman, L., Shiffer, A., Shkurti, A., Silva, R., Soranzo, N., Spence, E., Srinath, A., Staneva, V., Stapleton, J., Stucky, B., Taylor, C., Teal, T., Telenczuk, B., Thomas, I., Thorne, B., Torres, G., Tröndle, T., Upani, J., Vahtras, O., van der Helm, E., Walsh, A., Walter, N., Weitzel, D., Wheeler, D., White, E., Williamson, E. P., Willmore, F., Wilson, A., Wilson, G., Xiao, X., & Zonca, A. (2017). Software Carpentry: Programming with Python. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.278222

Ahmadia, A., Allen, J., Appling, A., Aubin, S., Bachant, P., Baird, D., Banaszkiewicz, P., Barmby, P., Batut, B., Bekolay, T., Belkin, M., Blischak, J., Bonsma, M., Borrelli, J., Boughton, A., Bouquin, D., Brauning, R., Brett, M., Brown, A., Cabunoc Mayes, A., Charlesworth, J., Charlton, B., Chen, D., Christensen, G., Collings, R., Corvellec, M., Davis, M., Devenyi, G. A., Dolson, E., Duchesne, L., Duckles, J., Emonet, R., Esteve, L., Farsarakis, E., Fauber, B., Fouilloux, A., Forstner, K., Geiger, S., Gonzalez, I., Guarinello, M., Guillou, S., Hadwin, J., Haeni, M., Haessig, P., Hannah, N., Hansen, M., Harihareswara, S., Heilmaier, A., Heroux, M., Hertweck, K., Hilboll, A., Hinsen, K., Huang, D., Ismiraldi, Y., Jackson, M., Jacobs, C., Jarecka, D., Johnston, L. W., Jones, D., Jedrzejewski-Szmek, Z., Kelly, T., King, W. T., Kluyver, T., Konrad, B., Kuzak, M., Küderle, A., Labrie, K., Lapp, H., Latornell, D., Laufersweiler, M., LeBauer, D., Lee, K., Liffers, M., Llebot, C., Loucks, C., Ma, K., Marwaha, K., May, R., Michonneau, F., Mills, B., Mueller, A., Munk, M., Nagraj, V., Nederbragt, L., Nunez-Iglesias, J., O’Brien, B., O’Leary, A., Olsson, C., Panitz, M., Pawsey, C., Pfenninger, S., Pipitone, J., Poisot, T., Preney, P., Rice, T., Riemer, K., Rio Deiros, D., Robinson, N., Rockenberger, A., Rohl, A., Rokem, A., Sacks, B., Sarahan, M., Schmeier, S., Schmider, H., Shellito, P., Shriwise, P. C., Silva, R., Smithyman, B., Soranzo, N., Steinbach, P., Stevens, S., Stueker, O., Stuermer, B., Timbers, T., Traphagen, D., Trondle, T., van der Walt, A., Vandervalk, S., Watson, G., Weaver, B., Wheelhouse, M., White, E., Williamson, E. P., Wilson, G., Wu, S., & Zhang, Q. (2017). Software Carpentry: Version Control with Git. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.278219

Aldazabal Mensa, I., Alexander, H., Allen, J., Alsheikh-Hussain, A., Attali, D., Baird, D., Baltzell, A., Banaszkiewicz, P., Barmby, P., Beagrie, R., Beane, G., Bedini, A., Bekolay, T., Belikov, E., Bell, J., Bill, B., Blin, K., Blischak, J., Boardman, S., Boissonneault, M., Bonnie, J., Boughton, A., Brase, R., Brown, A., Brunson, D., Bryk, J., Buske, O., Cabunoc Mayes, A., Carlise, M., Chen, D., Chung, K., Chung, K., Deveau, D., Devenyi, G. A., Doehle, P., Dolson, E., Doyle, M., Duckles, J., Emonet, R., Eyers, D., Fernandes, F., Fontenelle, H., Gacenga, F., Gardner, P., Gidden, M., Gonzalez, I., Gray, N., Guillou, S., Hagh, V. F., Hansen, M., Harstad, E., Hohenstein, T., Howe, A., Imamoglu, F., Irving, D., Jackson, M., Jane McTavish, E., Jennings, M., Jones, D., Jones, M. A., Keener, A., Keipert, K., Kelly, T., Kim, J. T., King, W. T., Koch, C., Konrad, B., Lake, S., Lang, D., Latornell, D., Lijnzaad, P., Ma, E., Mac, A., Madin, J., Magle, T., Mandel, M., Marini, C., Marwaha, K., Mashchenko, S., McCloy, D., Michonneau, F., Middleton, R., Milhans, J., Mills, B., Miotto, A., Mount, S., Nederbragt, L., Nielsen, D., Nielsen, D., Noga, K., O’Leary, A., Olson, R., Orr, A., Overgard Therkildsen, N., Palamartchouk, K., Perry, A., Peterson, M., Pipitone, J., Poisot, T., Pourreza, H., Povall, T., Richie-Halford, A., Ritchie, S., Rocha, C. B., Ross, N., Rydbeck, H., Sadjadi, M., Sanders, S., Schloss, P., Seyffert, B., Shattow, G., Silva, R., Simpkin, S., Simpson, J., Smith, B., Sobhani, A., Soranzo, N., Srinath, A., Standage, D., Staton, M., Steinbach, P., Stimberg, M., Telenczuk, B., Thoele, F., Timbers, T., Turner, S., van der Walt, A., van Schyndel, J., Vollmer, D., von der Linden, J., Walker, A., Waterfall, J., Watson, G., White, E., Williamson, E. P., Willing, C., Wilson, G., Winston, D., Wolff, H., Young, L., & Zamparo, L. (2017). Software Carpentry: The Unix Shell. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.278226

Allen, J., Bachant, P., Banaszkiewicz, P., Bekolay, T., Blischak, J., Boissonneault, M., Boughton, A., Cabunoc Mayes, A., Capes, G., Devenyi, G. A., Digges, D., Duckles, J., Emonet, R., Fraser, A., Hansen, M., Hertweck, K., Irber, L., Jackson, M., King, W. T., Liu, G., Michonneau, F., Mills, B., Nederbragt, L., O’Leary, A., Pipitone, J., Poisot, T., Richie-Halford, A., Sherman, J., Silva, R., Smith, B., St-Onge, P.-L., Teucher, A., Williamson, E. P., & Wilson, G. (2017). Software Carpentry: Automation and Make. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.278220

Wilson, G., Becker, E., McKay, S., Michonneau, F., Williams, J. J., Mayes, A. C., Silva, R., (hoytpr), P., Crosby, K., Nederbragt, L., NielInfante, Psomopoulos, F. E., Gourlé, H., (gaiusjaugustus), G., dbmarchant, Emonet, R., Cock, P., Banaszkiewicz, P., Teal, T., HLindsay, Thomas, A., Hamm, C., Allen, J., Jordan, K. L., EvanWill, Belkin, M., Pipitone, J., Young, N., Tang, M., Paudel, D., synesthesiam, Mills, B., Devenyi, G. A., Carroll, I., King, T. W., & gtehennepe. (2017). Data Carpentry Wrangling Genomics Lesson. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.1064254